L'història del nostre centre comença al carrer Font i Monteros de Palma on hi havia una escola de cuina i restauració que va ser la llavor a partir de la qual va néixer el nostre institut. Quan les seves instalacions varen quedar petites, després d'estudiar altres opcions, es va optar per trasladar aquesta escola al barri de Son Cladera.

A les noves instal·lacions el centre educatiu es va rebatetjar amb el nom d'Instituto de Formación Profesional Fray Junipero Serra i amb la ampliació poc a poc varen incorporarse més branques d'FP: Automoció (provinent del IES Politècnic), Administratiu i finalment Imatge i So.

Amb l'arrivaba de la LOGSE el centre es va reconvertir, deixant la formació de la antiga FP i acollint tant Cicles Formatius com alumnes d'ESO i Batxillerat. Durant aquest tems, i coincidint amb la transferència a la comunitat autònoma de l'educació va passar a nomenar-se IES Juníper Serra.